Wynika to przede wszystkim z tego, że całość lasów nadleśnictwa zaliczono do lasów wodo- i glebochronnych oraz w dużej mierze stanowiących otulinę uzdrowiskową. Drogą zmierzającą do powyższego celu jest naturalny kierunek hodowli lasu. Główny nacisk kładzie się na ochronę naturalnych drzewostanów bukowo-jodłowych oraz na przebudowe drzewostanów przedplonowych. W obu przypadkach obowiązuje zasada trwałej obecności ekosystemu leśnego na gruncie. W tym celu pierwsze z nich użytkuje się posztucznie i odnawia w sposób naturalny. Natomiast drzewostany przedplonowe użytkuje się rębniami gniazdowymi i częściowymi, podsadzając gatunki docelowe (jodłę, buka, jawora i inne). Nasiona do produkcji sadzonek pozyskuje się z drzewostanów nasiennych rodzimego pochodzenia. Wyrazem trwale zrównoważonej wielofunkcyjnej gospodarki leśnej jest zagospodarowanie drzewostanów jodłowych rębniami złożonymi. W jedlinach, w których stosuje się ciecia wg zasad rębni przerębowej, drzewostan charakteryzuje się bardzo złożoną budową oraz duzym zróżnicowaniem, zarówno wysokości jak i grubości i wieku drzew. Obok drzew bardzo starych (ok. 120-150 lat) i potężnych, dochodzących do 50 m wysokości, rosną drzewa w wieku średnim, występują młodniki, a także małe siewki. W ten sposób jest zachowana ciągłość pokoleń, a przestrzeń życiowa wypełniona maksymalnie przez korony drzew. Potwierdzeniem właściwie prowadzonej gospodarki leśnej jest posiadanie przez nadleśnictwo certyfikatów FSC i PEFC. Warunkiem otrzymania certyfikatu jest prowadzenie gospodarki leśnej z uwzględnieniem wszystkich regulacji prawnych danego kraju oraz międzynarodowych traktatów i porozumień, których dany kraj jest sygnatariuszem. Obligatoryjne jest również spełnienie zasad i kryteriów przyznawania certyfikatu. Proces certyfikacji opiera się na trzech głównych filarach:

• standardy, które opisują prowadzenie gospodarki leśnej i procedury audytu badającego zgodność prowadzonej gospodarki z tym standardami,
• system kontroli pochodzenia produktu w każdej firmie przetwarzającej produkty leśne,
•  zasady użycia logo certyfikatu na produktach pochodzących z certyfikowanych lasów.

Nasiennictwo i Selekcja:

Na terenie Nadleśnictwa znajdują się:

Drzewostany nasienne gospodarcze zajmują one powierzchnię 492,61 ha w tym: 390,37 ha w obrębie Rytro i 102,24 ha w obrębie Muszyna. Ochrona w drzewostanach nasiennych gospodarczych polega na dostosowaniu użytkowania rębnego do lat nasiennych, a w miarę możliwości do czasowego odsunięcia rębni (w przypadku małego urodzaju nasion) lub ograniczenia się do cięć selekcyjnych poprawiających właściwości genowe tych drzewostanów (selekcja negatywna). W drzewostanach tych w ramach cięć przygotowawczych i trzebieży usuwa się drzewa chore, porażone przez grzyby i szkodliwe owady, drzewa wadliwie ukształtowane z silną krzywizną strzały, rozwidlone, silnie guzowate. W ten sposób odnowienia naturalne oraz pozyskiwane nasiona uzyskają cechy będące wynikiem krzyżowania się tylko drzew najlepszych.

Wyłączone drzewostany nasienne (WDN), wybiera się, aby trwale zachować wartościowe i swoiste dla nich cechy ekotypów drzew. Wybór tych drzewostanów, ich uznanie oraz wyłączenie od wyrębu i innego użytkowania w okresie pełnienia przez nie roli drzewostanów nasiennych, a następnie zagospodarowanie, zmierzające do wzmożenia obradzania drzew o największej wartości hodowlanej, mają umożliwić stworzenie cennego źródła pozyskiwania nasion do hodowania nowych pokoleń drzewostanów o ulepszonej jakości. W Nadleśnictwie Piwniczna powierzchnia d-stanów nasiennych wyłączonych to: 88,51 ha (Bk- 56,04 ha, Jd-32,47 ha). Znajdują się one w obrębie Rytro.  

Drzewa mateczne - są to drzewa wyróżniające się korzystnymi cechami jakościowymi i przyrostowymi zgodnie z określonymi wymaganiami. Jako obiekty selekcji indywidualnej o szczególnych wartościach godnych ochrony wybierane są w wyłączonych i gospodarczych drzewostanach nasiennych. Są one wykorzystywane do zakładania plantacji nasiennych (wegetatywne potomstwo drzew doborowych) i plantacyjnych upraw nasiennych (potomstwo generatywne). Według „Rejestru bazy nasiennej ..." z 2014 roku w Nadleśnictwie Piwniczna znajduje się 36 drzew matecznych (Jd – 13 szt., Lp – 18 szt., Bk – 5 szt).

Uprawy pochodne - są to uprawy założone ze sprawdzonego materiału sadzeniowego pochodzącego z wyłączonych drzewostanów nasiennych lub drzew matecznych. Mają one duże znaczenie w hodowli selekcyjnej jak i w badaniach naukowych. Na terenie Nadleśnictwa Piwniczna znajdują się uprawy pochodne Jd, Św, Md, So. Zajmują one łączną powierzchnię 96,80 ha.

Plantacje Nasienne (PN)– Plantacje nasienne to uprawy reprezentujące potomstwo wegetatywne (pochodzące ze szczepów) drzew matecznych zakładane w celu zbioru nasion. W Nadleśnictwie Piwniczna znajduje się jeden taki obiekt – plantacja nasienna sosny górskiej (wdziarowej) w leśnictwie Majerz (obręb Muszyna) o powierzchni – 3,00 ha

Plantacyjne Uprawy Nasienne (PUN)– Plantacje nasienne to uprawy reprezentujące potomstwo generatywne (pochodzące z zapylenia) drzew matecznych zakładane w celu zbioru nasion. W Nadleśnictwie Piwniczna znajdują się dwa takie obiekty (w obrebie Muszyna) – PUN jodły pospolitej – pow. 4,44 haoraz PUN modrzewia europejskiego – pow. 4,00 ha